2026年9月30日，日本愛知縣名古屋市市長廣澤一郎在新聞發布會上公開道歉，表示必須向遇到困擾的運動員和其他相關人士道歉，并對安排不周的情況進行深刻反省。這是自9月19日賽事開幕以來，組委會高層首次就運營失誤作出正式表態。而作為組委會主席的愛知縣知事大村秀章截至當日未就任何運營問題公開回應。

9月26日，組委會事務總長村手聰已就后勤問題致歉，承認工作人員缺乏大型賽事運營經驗，實際報名人數超過預期。兩天后，廣澤一郎在記者會上又明確表示，無法確認相關問題是否由削減經費引發。經費不足與人為失誤兩條解釋在同一場發布會上同時存在，彼此并未被對方覆蓋。

本屆亞運會未新建集中式運動員村。9月15日，“歌詩達賽琳娜號”郵輪停靠名古屋金城碼頭，與集裝箱房屋、分散酒店共同承擔住宿功能。亞奧理事會統計參賽總人數約17000人，超出組委會預設的15000人接待上限2000人。9月22日，組委會官網聲明將部分入住混亂歸咎于“代表團提交的登記文件存在問題”，但村手聰9月26日的致歉中又承認“部分此前制定的應對規則未能得到遵守”。同一套住宿系統既承擔超額人數，又遭遇文件錯配和規則失守，兩個層面的壓力疊加在同一批基礎設施上。

曲棍球比賽賽前，工作人員誤將韓國國歌播放為朝鮮國歌。運送巴基斯坦男子排球隊的大巴走錯賽場，導致該場比賽推遲。兩起事件均發生在賽事開幕后一周內，涉及不同項目、不同國家代表團、不同環節，均屬于可明確歸因于執行層面的操作失誤。