新皇崗口岸作為國家一級口岸，于10月12日早上6時30分正式開通運行。這個集出入境口岸、立體綜合交通樞紐、城市活力公共空間于一體的超級口岸，總建筑面積約68.97萬平方米，設有134條合作查驗快捷通道和68條人工通道，設計日通關流量達20萬人次。

新皇崗口岸的通關模式由原來的“兩地兩檢”調整為“一地兩檢”，深港兩地的查驗集中在同一棟聯檢大樓內。新模式下，旅客通關時間從原來的30分鐘縮短至最少5分鐘。記者實地體驗發現，即使在工作日且有各類分流及引導措施的情況下，整個通關流程僅耗時10分鐘左右，現場秩序井然。

這一變化標志著深港兩地將進一步加強融合。為了便利兩地人員往來和經貿活動，推進粵港澳大灣區建設，深圳市皇崗口岸內設立了港方口岸區。此前，全國人大常委會已授權香港對皇崗口岸相關區域實施管轄，并明確了“合作查驗、一次放行”的查驗監管模式。

新皇崗口岸不僅是一個單一的人員過境設施，還將成為串聯深港科創資源、產業平臺與人才網絡的綜合樞紐。口岸位于深圳市福田區南端，與香港新界落馬洲隔河相望。自1994年實行貨檢24小時通關以來，一直是深港間唯一的24小時通關口岸。2018年啟動重建規劃后，新大樓預計初期每日可處理約20萬人次旅客，通關能力提高約4倍。

在新的查驗模式下，旅客只需“排一次隊、檢查一次證件、核實一次身份”，即可完成兩地出入境手續。自助通道通過三道門完成信息讀取、指紋采集和身份核驗，大大提高了通關效率。此外，人工柜臺采用“肩并肩”設計，深港兩地查驗人員并排而坐，同樣實現了一次排隊完成兩地手續。

車輛通關方面，深港首次采用“五合一”車輛合作查驗通道，一次性完成深港五家查驗單位的信息采集與系統驗核，大幅壓縮了通關時間。據統計，新口岸啟用首日早高峰期間，旅客和車流量均有顯著增長，但系統表現穩定，未出現異常情況。